Øen har en lang historie bag sig og er rig på både arkæologiske levn og gode historier.
For de kulturinteresserede har Sejerø et lille museum, hvori man kan følge øens historie fra bondestenalderen til idag. Museet kan ses fra Hovgaards stuevinduer, så man behøver ikke tænke på transport. Derudover er den middelalderlige kirke et besøg værd, både på grund af de meget sene, efterreformatoriske kalkmalerier, men også for Danmarks næstældste kirkeskib, forestillende Christian d. 4’s Trefoldigheden, hvorpå han blev såret i slaget ved Kolberger Heide i 1644.
På havnen er et lille galleri og kulturhus centreret omkring Sejerøs nationalfugl, Tejsten. Her er ofte koncerter i sommerhalvåret og udstillinger af diverse kunstnere.
Ifølge lokale historier holdt vikingekongerne ting på Sejerøs højeste punkt, gravhøjen Kongshøj. Her skulle bl.a. Svend Tveskæg have mæglet i en strid blandt hans fyrster og stedet er også besøgt i nyere tid af Christian X.
På øens sydligste spids findes en jættestue fra bondestenalderen. Den står vindblæst med havet på tre sider og vidner om begravelsesskik og ritualer fra en fjern fortid.